Durante la conferencia vespertina del 12 de septiembre de 2020, José Luis Alomía, director General de Epidemiología, anunció un descenso en los casos de COVID-19 en 17 entidades del país. La reducción se evidenció en un 6 por ciento de casos confirmados y un 34 por ciento en muertes, manteniendo una tendencia de disminución desde la semana epidemiológica 30. La Secretaría de Salud registró un total de 663,973 casos y 70,604 muertes hasta ese momento.

Además, por primera vez, se presentó el impacto de la pandemia en la población indígena, que mostró una tasa de letalidad superior a la del promedio nacional. Este panorama coloca a México en el séptimo lugar mundial en número total de casos y cuarto lugar en fallecimientos, según datos de la Universidad Johns Hopkins.